Phế Đế thậm chí còn có ít quyền lực thực tế hơn cha, người mà Vũ Văn Thái tôn trọng trên danh nghĩa. Ông đã có thể cải táng Ất Phất Hoàng hậu cùng với Văn Đế. Ông lập Vũ Văn Vân Anh làm hoàng hậu. Nguyên Khâm không chỉ sủng ái mình nàng Vân Anh mà còn không thực hiện chế độ tần ngự, tức hậu cung chỉ có duy nhất hoàng hậu. Điều này có thể là do tình cảm của hai người quá tốt nhưng cũng có khả năng phần lớn là do ông ta sợ uy của nhạc phụ.

Đây chính là vị hoàng đế thực hiện chế độ một vợ một chồng duy nhất trong lịch sử cổ đại Trung Quốc. Nguyên Khâm vốn là người thông minh, tài năng nên không chỉ là người chồng biết quan tâm, yêu thương hoàng hậu của mình mà cũng rất biết chăm lo việc nước. Nhưng cũng như cha mình, mọi việc trong triều đều phải chịu sự sắp đặt của nhạc phụ. Có lẽ do Vũ Văn Thái muốn phục hồi nhiều phong tục và truyền thống thời nhà Chu nên Phế Đế không sử dụng niên hiệu; đúng hơn, những năm trong triều đại của ông chỉ đơn thuần được gọi là "nguyên niên", "nhị niên",...

Năm 553, cháu trai của Vũ Văn Thái là Uất Trì Huýnh chinh phạt các châu phía tây của Lương (trước đó nằm dưới quyền kiểm soát của người tự xưng kế thừa ngai vàng triều Lương là Tiêu Kỉ) và hợp nhất chúng vào Tây Ngụy.

Cuối năm 553, viên quan Nguyên Liệt (元烈) đã âm mưu sát hại Vũ Văn Thái song sự việc bại lộ, và Vũ Văn Thái đã giết chết Nguyên Liệt. Sau đó, Phế Đế trở nên tức giận với Vũ Văn Thái và thường xuyên nói những lời chống lại ông ta. Phế Đế cũng bí mật lập mưu giết Vũ Văn Thái, bất chấp lời khuyên từ Lâm Hoài vương Nguyên Dục (元育) và Quảng Bình vương Nguyên Tán (元贊, cháu trai của Hiếu Vũ Đế) rằng âm mưu này quá nguy hiểm. Tuy nhiên, âm mưu của Phế Đế cuối cùng đã bị một con rể khác của Vũ Văn Thái phát hiện ra. Vũ Văn Thái cho rằng Nguyên Khâm là người cứng đầu, khó bảo nên tháng 2 năm đó đã phế truất rồi giam giữ Phế Đế, lập em trai ông là Nguyên Khuếch làm hoàng đế (tức Cung Đế). Sau hai tháng Phế Đế được ban rượu độc mà chết, hưởng dương 30 tuổi.Theo Bắc sử, Vũ Văn Hoàng hậu "cũng phải chết vì bà trung thành với gia đình hoàng tộc Ngụy". Sau khi Phế Đế mất, bà đau buồn quá không thiết sống, không lâu sau thì cũng theo chồng.